Распространение вирусов по электронной почте (возможно наиболее многочисленных и вредоносных) можно было бы предотвратить недорогими и эффективными средствами без установки антивирусных программ, если бы были устранены дефекты программ электронной почты, которые сводятся к выполнению без ведома и разрешения пользователя исполняемого кода, содержащегося в письмах.
Обучение пользователей может стать эффективным дополнением к антивирусному программному обеспечению. Простое обучение пользователей правилам безопасного использования компьютера (например не загружать и не запускать на выполнение неизвестные программы из Интернета) снизило бы вероятность распространения вирусов и избавило бы от надобности пользоваться многими антивирусными программами.
Пользователи компьютеров не должны всё время работать с правами администратора. Если бы они пользовались режимом доступа обычного пользователя, то некоторые разновидности вирусов не смогли бы распространяться (или, по крайней мере, ущерб от действия вирусов был бы меньше). Это одна из причин, по которым вирусы в Unix-подобных системах относительно редкое явление.
Метод обнаружения вирусов по поиску соответствия в словаре не всегда достаточен из-за продолжающегося создания всё новых вирусов, метод подозрительного поведения не работает достаточно хорошо из-за большого числа ошибочных решений о принадлежности к вирусам не заражённых программ. Следовательно, антивирусное программное обеспечение в его современном виде никогда не победит компьютерные вирусы.
Различные методы шифрования и упаковки вредоносных программ делают даже известные вирусы не обнаруживаемыми антивирусным программным обеспечением. Для обнаружения этих «замаскированных» вирусов требуется мощный механизм распаковки, который может дешифровать файлы перед их проверкой. К несчастью, во многих антивирусных программах эта возможность отсутствует и, в связи с этим, часто невозможно обнаружить зашифрованные вирусы.
Постоянное появление новых вирусов даёт разработчикам антивирусного программного обеспечения хорошую финансовую перспективу.
Некоторые антивирусные программы могут значительно понизить быстродействие. Пользователи могут запретить антивирусную защиту, чтобы предотвратить потерю быстродействия, в свою очередь, увеличивая риск заражения вирусами. Для максимальной защищённости антивирусное программное обеспечение должно быть подключено всегда, несмотря на потерю быстродействия. Некоторые антивирусные программы (как AVG for Windows) не очень сильно влияют на быстродействие.
Иногда приходится отключать антивирусную защиту при установке обновлений программ, таких, например, как Windows Service Packs. Антивирусная программа, работающая во время установки обновлений, может стать причиной неправильной установки модификаций или полной отмене установки модификаций. Перед обновлением Windows 98, Windows 98 Second Edition или Windows ME на Windows XP (Home или Professional), лучше отключить защиту от вирусов, в противном случае процесс обновления может завершиться неудачей.
